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Das historische Gebäude in der Boltzmanngasse 3 stammt aus den 1900er Jahren, Jahren der Erforschung und Innovation. 1908 initiierte Karl Kupelwieser, Wiens wichtigster Förderer der Wissenschaften dieser Zeit, das Institut für Radiumforschung, um Marie Curies jüngste Entdeckung des Radiums und seiner erstaunlichen Eigenschaften weiter zu untersuchen, indem er der Österreichischen Akademie der Wissenschaften 500 österreichische Kronen für Bau und Einrichtung zur Verfügung stellte. Am 28. Oktober 1910 wurde das Institut für Radiumforschung von Erzherzog Rainer von Österreich eröffnet.

Bereits im ersten Jahrzehnt seines Bestehens entdeckte Stefan Meyers erster Assistent Victor Franz Hess das Phänomen der kosmischen Strahlung, wofür er 1936 den Nobelpreis für Physik erhielt. In den folgenden Jahren wurden die Forscher des Instituts gezwungen, dunklere Bestrebungen zu verfolgen und Kernreaktionen auszulösen. Mehrere Forscher des Instituts wurden 1938 vom NS-Regime ins Exil gezwungen. Nach 1945 verlagerte sich der Schwerpunkt auf durch Neutronen ausgelöste Kernreaktionen, und die entsprechenden Erkenntnisse fanden Anwendung in der Medizin oder beim Bau von Kernreaktoren. Das Institut erlebte mehrere politische und strukturelle Veränderungen und wurde zum Institut für Radiumforschung und Kernphysik, das 1955 unter Beata Karlik, der damaligen Direktorin des Instituts, die zur ersten Professorin an der Universität Wien ernannt wurde, zusätzlich zu seiner Akademiezugehörigkeit in ein Universitätsinstitut umgewandelt wurde. Es wurde später wieder in Institut für Isotopenforschung und Kernphysik umbenannt und schließlich 2004 zum Stefan-Meyer-Institut für subatomare Physik. Im Mai 2015 wurde das Gebäude der Boltzmanngasse 3 von der European Physical Society als EPS Historic Site ausgewiesen.

Im November 2003 wurde das Institut für Quantenoptik und Quanteninformation (IQOQI) der Österreichischen Akademie der Wissenschaften mit dem Ziel gegründet, einen Ort für theoretische und experimentelle Quantenoptik- und Quanteninformationsforschung in Österreich zu schaffen. Die Wiener Niederlassung unter der Leitung von Anton Zeilinger trat dem Stefan-Meyer-Institut in der Boltzmanngasse 3 bei. Heute besteht das IQOQI aus acht Forschungsgruppen unter der Leitung von Markus Aspelmeyer (derzeitiger Direktor des IQOQI), Časlav Brukner, Marcus Huber, Markus Müller, Miguel Navascues, Rupert Ursin und Anton Zeilinger sowie die kürzlich gegründete YIRG (Young Independant Researcher Group) unter der Leitung von Ämin Baumeler, Costantino Budroni und Yelena Guryanova.